Точная дата основания Эгей неизвестна, однако, очевидно, что уже к началу VI века до нашей эры это был значимый населенный пункт, находившийся под контролем Лидийского царства. Вот что пишет о возрасте эолийских городов Геродот:
Эолийские же города вот какие: Кима, называемая также Фриконидой, Ларисы, Неон Тихос, Темнос, Килла, Нотий, Эгироесса, Питана, Эгеи, Мирина, Гриния. Это – одиннадцать древних эолийских городов.
В 540-ые годы, после падения Лидии, город оказывается под контролем персидской династии Ахеменидов. Сопротивление в Эолиде было не таким ожесточенным, как в расположенной южнее Ионии. Эгеи не значатся в числе Афинского морского союза - военно-политической организации, ставвишей основной своей задачей освобождений акватории Эгейского моря от персидского владычества. Хотя были в Эолиде города, которые входили в этот союз и даже платили налог, идущий в казну Афин (формально - на поддержание флота).
В середине V века Эгеи, благодаря усилению Афин, вышли из-под контроля персов, однако в районе 400 года снова оказались под влиянием империи Ахеменидов, в составе которой оставались формально до 334 года (хотя еще в середине IV века Эгеи, как и многие другие города региона, стали фактически самостоятельными), покуда в Малую Азию не пришел Александр Македонский..Одержав несколько крупных побед, молодой царь добился того, что одно его имя стало внушать ужас и трепет всем местным политическим и военным лидерам, что заметно упростило ему задачу покорения и удержания территорий. Вот что пишет об этом римский историк Арриан:
Тем временем пришли к нему граждане Магнесии и Тралл сдавать свои города. Он послал к ним Пармениона, дав ему 2500 пехотинцев-чужеземцев и примерно столько же македонцев и около 3200 всадников-»друзей»; Алкимаха, сына Агафокла, он послал с неменьшими силами к эолийским городам и тем ионийцам, которые еще находились под властью варваров.
Вот так легко Александр подчинил себе Эолиду и отправился дальше на юг.
После смерти царя Эолида оказалась в составе Пергамского царства. На III век, несмотря над войн между Пергамом и государством Селевкидом (которое в итоге подчинили себе Эгеи), приходится расцвет города: расширяется агора, возводится театр, в Эгеи постоянно прибывает странники, стремящиеся получить совет у жрецов, живших чуть западнее поселения, в святилище Аполлона. Этот оракул был далеко не единственным подобным местом в эллинском мире (достаточно сказать, что всего в 100 с небольшим километрах к югу находилось еще одно поселение, где проживали жрецы культа Аполлона и предсказатели, - Кларос), однако все же весьма известным. В 218 году царь Аттал Сотер возвращает Эгеи в состав Пергамского царства; позже все Пергам и Эгеи страдают от нападений вифинийцев, однако быстро разоренные города быстро отстраиваются и позже вместе входят в состав Римской империи, подчинившей затем и Вифинию.
В начале новой эры город страдает от землетрясений. Император Тиберий выделяет из казны средства на его восстановление. Благодарные жители Эгей возводят в честь благодетеля ворота, которые фрагментарно сохранились до наших дней и являются одним из самых интересных объектов среди множества античных памятников.
Эгеи благоденствуют до середины III века, но позже приходят в упадок.
Первое исследование города относится к 1880 году (среди археологов был Саломон Рейнах, брат Теодора Рейнаха, прославившегося созданием виллы Керилос).
С 2004 года по сей день раскопки ведутся историками из измирских университетов.
Многолетние работы позволили вскрыть булевтерий и одеон, бани, некрополь, древние дороги и другие значимые объекты.
В то же время театр в значительной степени пока находится под землей.
В целом Эгеи - довольно интересная достопримечательность и значимый исторический памятник. Однако из-за некоторой удаленности от курортной зоны и труднодоступности (к городу можно попасть только по узкой дороге, петляющей меж холмов) туристов здесь обычно крайне мало.
